【目的】为获取发情期与妊娠期牦牛卵巢组织的转录组信息，挖掘发情期与妊娠期牦牛卵巢差异表达转录本(differentially expressed transcripts，DETs)及其功能信息，分析牦牛发情期和妊娠期繁殖过程的分子机制，为进一步探析牦牛繁殖性能提供基础。【方法】 本研究选择青海省海晏县一牧民自然放牧牛群中处于发情期和妊娠期牦牛各3 头屠宰后采集卵巢，利用Oxford Nanopore Technologies(ONT)单分子RP56976体内实时电信号测序技术，进行全长转录组测序，借助Astalavista软件鉴定牦牛发情期和妊娠期的AS事件类型，采用TAPIS pipeline来识别APA。【结果】在牦牛发情期共出现2479 次AS事件，妊娠期共出现2053 次AS事件。牦牛发情期共鉴定出9189 个基因发生APA；妊娠期共鉴定出8924 个基因发生APA。与发情期相比，妊娠期牦牛卵巢组织中共鉴定得到差异表达转录本3562 个，妊娠期较发情期上调转录本有1693 个，下调转录本有1896 个；GO分析发现，差异表达转录本集中于细胞过程、单一组织过程和生物调节。其中牦牛繁殖相关的有繁殖、繁殖过程、节律等过程，涉及细胞、细胞器成分等细胞组分，参与结合、催化活性等分子功能；KEGG分析发现，差异表达转录本共参与到203 条信号通路。其中，PI3K-Akt信号通路、细胞内吞作用、剪切体和氧化磷酸化是关键通路。牦牛繁殖相关通路还有MAPK信号通路、雌激素信号通路（Estrogen signaling pathway)、孕酮介导卵母细胞成熟（Progesterone-mediated oocyte maturation）、细胞周期（Cell cycle）、催产素信号通路（Oxytocin signaling pathway）和卵母细胞减数分裂（Oocyte meiosis）等。【结论】 利用第三代测序技术对DS-3201分子式牦牛发情期与妊娠期卵巢组织的转录组进行测序和分析，揭示了牦牛不同生理状态下卵巢组织差异表达转录本的数量，获得了差异表达转录本的功能、分类和相关信号通路。为丰富牦牛卵巢组织转录组信息，为开展牦牛发情期与妊娠期相关基因的研究及分子调控机制奠定General Equipment基础。