宏基因二代测序在老年肺部感染性疾病中的应用价值研究

目的:研究宏基因二代测序(Metagenomic Next-Generation Sequencing,mNGS)在老年肺部感染患者中的病原学分布、诊断及临床治疗等方面的应用价值。材料与方法:前瞻性分析2022年01月至2022年08月内江市第一人民医院呼吸与危重症医学科、老年病科收治住院初步诊断为肺部感染的患者,每位纳入对象均完善电子支气管镜检查及肺泡灌洗,收集两份等量肺泡灌洗液(Bronchoalveolar Lavage Fluid,BALF),应用不同的检测方法进行病原学检测,一份BALF外送基因检测公司进行宏基因二代测序,一份BALF送本院微生物实验室进行传统病原学检测,如细菌培养、真菌培养、结核抗酸染色等。收集纳入对象的临床基本资料(性别、年龄、吸烟史、饮酒史、基础疾病)、mNGS检测结果(包括病原菌种类、检出时间)、传统病原学检测结果(包括病原菌种类、检出时间)、炎症指标、抗感染治疗方案、影像学病灶吸收情况、症状好转情况等信息。将mNGS检查结果与传统病原学检查结果作对比,比较mNGS检测与传统检测的阳性率、时效性及诊断效能,分析mNGS检测对老年肺部感染患原学分布、诊断及治疗方面的临床价值。结果:1.基本资料:研究纳入67例老年肺部感染患者,男性43例,女性24例,男性中有吸烟史的26例,女性中有吸烟史的0例,男性中有饮酒史的17例,女性中有饮酒史的0例,纳入患者年龄69.66±6.95岁。基础疾病情况:有基础疾病61例,无基础疾病有6例。2.病原学分布情况:62例mNGS检测结果为阳性(92.寻找更多54%)。其中单一类病原体感染26例(38.81%),包括单纯细菌病原体感染19例(28.35%),单纯病毒病原体感染4例(6.00%),单纯真菌病原体感染3例(4.48%)。混合感染有36例(53.73%),其中两类病原体混合感染有31例(46.27%),以细菌-真菌混合感染为主,有16例(23.88%),其次是细菌-病毒混合感染11例(16.42%),真菌-病毒混合感染4例(6.00%),细菌-真菌-病毒混合感染5例(7.46%)。传统检测阳性结果有35例(52.24%),单纯细菌感染7例(10.45%),单纯真菌感染19例(28.39%),单纯病毒感染4例(6.00%)。混合感染中,细菌-真菌混合感染4例(6.00%),真菌-病毒感染2例(2.99%),细菌-病毒混合感染未检出。3.病原学结构情况:62例mNGS检测结果为阳性病例中,一共检出了172株病原体,其中以细菌最多见,为76株(44.19%),主要为肺炎链球菌12株(6.98%)、流感嗜血杆菌10株(5.81%)、肺炎克雷伯杆菌6株(3.49%)。真菌44株(25.58%),主要为白色念珠菌16株(9.30%)、烟曲霉菌11株(6.40%)。病毒41株(23.84%),主要为人类疱疹病毒4型14株(8.14%)、人类疱疹病毒1型9株(5.23%)。结核分枝杆菌8株,占4.65%,非典型病原体(鹦鹉热衣原体)3株,占1.74%。35例传统检测结果为阳性的病例中,一共检测出42株病原体,其中最多见的是真菌24株(57.14%),主要为白色念珠菌13株(30.95%)。细菌11株(26.19%),主要为肺炎克雷伯杆菌3株(7.14%),鲍曼不动杆菌3株(7.14%),大肠埃希菌3株(7.14%)。病毒6株,占14.29%,主要有流感病毒3株(7.14%),人类疱疹病毒4型3株(7.14%),结核分枝杆菌1株,占2.38%。4.mNGS检测与传统检测方法的比较:mNGS检测阳性率为92.54%,传统检测阳性率为52.23%,mNGS检测的阳性率明显高于传统检测方式,差异有统计学意义(P<0.001)。mNGS检测时间1.61±0.58天,传统检测中细菌培养时间2.10±0.43天,真菌培养时间4.22±1.15天,浓集抗酸染色时间0.98±0.09天,病毒检测时间0.57±0.27天,mNGS检测的时间明显短于传统检测中细菌及真菌培养,时效性显著高于传统检测中的细菌及真菌培养方式,差异有统计学意义(P<0.001),mNGS检测中抗酸染色和病毒检测的时间长于传统检测,mNGS时效性低于传统检测中浓集抗酸染色和病毒检测方式,差异有统计学意义(P<0.001)。所有阳性结果中,mNGS检测的灵敏度为92.86%,传统检测方式灵敏度55.36%。mNGS病原体检测方式的灵敏度显著高于传统病原学检测方式(P<0.05)。mNGS检测结果与传统检测结果一致性为34.33%,mNGS病原体检测方式的灵敏度显著高于传统病原学检测方式,差异有统计学意义(P<0.001)。5.治疗方案调整:46例(68.66%)根据mNGS检测结果和(或)传统检测结果做出了诊疗改变,44例(65.67%)根据mNGS检测结果调整方案,22例(32.84%)根据传统检测结果调整治疗方案,根据mNGS检测结果对患者治疗方案的调整力度明显大于传统检测,差异有统计学意义(P<0.001)。6.将研究对象根据重症肺炎的诊断标准,分为重症组23例,非重症组有44例。两组的年龄、性别、吸烟史、饮酒史、有无基础疾病的差异均没有统计学意义(P>0.05)。重症组mNGS检测阳性率为95.65%,传统检测阳性率为55.2Antibiotic de-escalation2%,非重症组mNGS检测阳性率为90.91%,传统检测阳性率为38.63%,mNGS检测在重症组及非重症组的病原体检出率均高于传统检测方式,差异有统计学意义(P<0.05)。重症组中根据mNGS检测结果来调整了治疗方案的有17例,根据传统检测结果调整治疗方案的有12例,重症组根据mNGS结果对治疗方案的调整率显著大于传统检测,差异有统计学意义(P<0.05)。7.将纳入研究对象根据有无基础疾病,分为无基础疾病组(6例)和基础疾病组(61例),两组进行分组比较。无基础疾病组mNGS检测阳性率为83.33%,传统检测阳性率16.67%。有基础疾病组mNGS阳性率93.44%,传统检测阳性率为55.74%。基础疾病组与无基础疾病组应用mNGS检测的阳性率均显著大于应用传统检测方法的阳性率,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:1.老IACS-010759溶解度年肺部感染患者以混合感染最多见,其中以细菌-真菌多重感染为主。2.与传统病原学检测相比,mNGS检测的阳性率、时效性、灵敏度明显升高。3.mNGS病原学检测结果能指导老年肺部感染患者的治疗,即时调整抗生素治疗方案,特别是老年重症患者。