基于处方挖掘与分子动力学模拟筛选严重急性呼吸综合征冠状病毒2潜在抑制剂分子的研究

目的 从中药筛选具有潜在抑制严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2)活性的成分,进一步从原子水平揭示其抑制SARS-CoV-2表面刺突蛋白(S蛋白)受体结合域(RBD)与血管紧张素转化酶2 (ACE2)结合的内在机制。方法 检索新型冠状病毒Pidnarulex溶解度(简称“新冠肺炎”)治疗中药处方,构建“新冠肺炎中药候选活性成分数据库”。用具有ACE2抑制活性的小分子化合物构建HipHop药效团模型,并对“新冠肺炎中药购买IDN-6556候选活性成分数据库”中活性成分筛选。采用分子对接和分子动力学模拟方法研究Tibetan medicine候选活性成分与ACE2的结合方式及其对SARS-CoV-2 S蛋白与ACE2识别的影响。结果 本文通过中药处方挖掘和分子动力学模拟,从143个新冠肺炎治疗中药处方中筛选出10种可与SARS-CoV-2 S蛋白/人源ACE2识别位点结合的中药成分。其中,枇杷叶主要活性成分23-trans-p-coumaryhormentic acid与ACE2具有最高的亲和力,且23-trans-p-coumaryhormentic acid的结合可有效阻断SARS-CoV-2 S蛋白与宿主细胞ACE2的结合。结论 本文通过虚拟筛选发现了SARS-CoV-2潜在抑制剂分子23-trans-p-coumaryhormentic acid,同时从原子水平预测了其抑制SARS-CoV-2 S蛋白与ACE2结合的内在机制,这将为SARS-CoV-2特异性抗病毒药物的研发提供理论依据。